Karşılaştırmalı yöntem, en büyük başarısını Cuvier ve arkadaşlarının karşılaştırmalı morfolojiyi geliştiren çalışmalarıyla elde etti. Karşılaştırma başlangıçta salt deneysel bir girişimdi, ancak 1859 da Darwin'in öne sürdüğü ortak soy kuramının ardından, giderek daha güçlü bir bilimsel yöntem haline geldi. Bu yöntem çok başarılı oldu; öyle ki biyolojinin diğer disiplinlerine de uygulandı ve karşılaştırmalı fizyoloji, karşılaştırmalı embriyoloji, karşılaştırmalı psikoloji vd. bilim dallarının ortaya çıkışını sağladı. Modern makrotaksonomi hemen hemen tümüyle karşılaştırmaya dayanır.